Выделение днк из костной ткани

К вопросу о выделении геномной днк из содержимого костного канала фрагментов трубчатых костей

Publication in electronic media: 12.11.2011 under http://journal.forens-lit.ru/node/494
Publication in print media: Актуальные вопросы судебной медицины и экспертной практики, Барнаул-Новосибирск 2011 Вып. 17

Г.В. Червоная, С.Г. Хайдаршин

Тема экстракции геномной ДНК из костной ткани в практике судебно-медицинской экспертизы вещественных доказательств в последнее время становится всё более актуальной. В процессе выделения ДНК из биологического материала основная задача – хорошо диспергировать ткань, чтобы разрушить клетки, а затем отделить ДНК от сопутствующих ей белков и посторонних примесей для получения препарата с чистотой, пригодной для постановки ПЦР. С мягкими тканями в большинстве случаев проблем не возникает, а вот выделение ДНК из кости гораздо более трудоемко и требует специальных подходов.

Общепринятая методика получения ДНК из костной ткани предполагает очень длительный (в течение нескольких дней) процесс пробоподготовки, декальцификации и очистки ДНК с использованием фенол-хлороформной экстракции. К недостаткам метода нужно отнести очень высокую токсичность (использование в процессе выделения агрессивных органических соединений). Он довольно трудоемок, при этом возможны значительные потери ДНК, остаточные загрязнения протеинами, фенолом и хлороформом – сильными ингибиторами ПЦР. В конечном итоге в большинстве случаев приходится сталкиваться с проблемой нестабильности конечного результата – результаты либо отрицательные, либо труднотрактуемые.

С целью поиска альтернативных методов выделения, нами была использована методика исследования содержимого костного канала фрагментов трубчатых костей в качестве биологического материала для выделения геномной ДНК из кости. Мы испытывали различные варианты нефенольных методов выделения ДНК:

• метод с использованием ионообменной смолы Chelex 100. Процедура заключается в очистке ДНК от металлосодержащих соединений и протеинов путем кипячения в присутствии Chelex 100, затем супернатант непосредственно добавляют в ПЦР-смесь;
• метод с использованием набора реагентов DiatomTM DNA Prep 200 (Москва), основанного на использовании лизирующего реагента с гуанидинтиоцианатом, который предназначен для лизиса клеток, солюбилизации клеточного дебриса, а также для денатурации клеточных нуклеаз. В присутствии лизирующего реагента ДНК активно сорбируется на носителе NucleoSTM, с которого она легко снимается с помощью элюирующего буфера;
• метод с использованием набора реагентов Diamond DNA Genomic DNA Extraction Kit for Animal Tissue Samples, в состав лизис-буфера которого входят компоненты предотвращающие адсорбцию ДНК на стенках пробирки, ее окисление и эффективно связывающие полифенолы. ДНК остается в растворе, а адсорбция примесей, ингибирующих ПЦР происходит с помощью сорбента, частицы которого имеют нанометровые размеры и не взаимодействуют с ДНК, что предотвращает ее механическую и химическую деградацию. Дополнительная очистка ДНК от белков, полисахаридов и компонентов лизис-буфера происходит вследствие селективного осаждения молекул ДНК высокоэффективным осадителем.

Сравнительный анализ преимуществ и недостатков этих методов проводился с учетом: способности ДНК к амплификации; сохраняемости проб выделенной ДНК; длительности и трудоемкости процедуры пробоподготовки и экстрагирования; необходимости использования токсических веществ; материальных затрат.

Исследовались кости от трупов, находящиеся в архиве нашего отделения, причина смерти которых не установлена из-за гнилостных изменений, промерзания и обгорания.

Исследуемый материал готовился следующим образом: делались соскобы с внутренней поверхности трубчатых костей, содержимое высушивалось на отрезке марлевого бинта.

Выделение хромосомной ДНК проводилось с использованием трех вышеуказанных методик.

Амплификацию изучаемых полиморфных последовательностей ДНК методом ПЦР проводили в монолокусном формате, продукты полимеразной цепной реакции фракционировали электрофоретически в 8% ПААГ в денатурирующих условиях и анализировали в проходящем свете после окрашивания нитратом серебра с использованием коммерческих наборов НПФ “АТГ-Биотех” Москва. При этом были получены положительные результаты. В качестве примеров приводим 4 наблюдения.

Наблюдение 1: 03.07.2010г. в результате взрыва на военном полигоне произошла гибель двух и более лиц, в отделение были доставлены три фрагмента бедренной кости от человеческих останков, наружная поверхность которых сильно обуглена, с наложениями вещества черного цвета, а содержимое костных каналов желтого и красновато-серого цвета. В результате исследования получены препараты ДНК мужской половой принадлежности, пригодные для идентификационного анализа (см. рис. 1).

Рис. 1. Электрофореграмма амплифицированных фрагментов ДНК локуса Амелогенина содержимого костных каналов трех фрагментов бедренной кости от человеческих останков при взрыве на военном полигоне, выделенных: с использованием Chelex 100 – дорожки 1, 2, 3; набором реагентов Diamond DNA – дорожки 4, 5, 6 (соответственно).

Наблюдение 2: 09.04.2010г. в отделение доставлен фрагмент бедренной кости от трупа неустановленного мужчины, погибшего при пожаре.

Наблюдение 3: 01.04.2010г. в ходе тушения пожара в жилом доме обнаружены останки. Причина смерти не установлена из-за выраженного обугливания трупа.

Наблюдение 4: 01.04.2008г. в лабораторию прислан фрагмент бедренной кости от трупа неизвестного мужчины, обнаруженного на улице. Причина смерти не установлена из-за выраженного гниения трупа. Дата смерти – осень–зима 2007-2008гг..

В процессе исследования в феврале 2011г. из содержимого костных каналов фрагментов трубчатых костей наблюдений 2, 3, 4 выделены индивидуальные препараты ДНК мужской половой принадлежности и установлены их генотипические аллельные комбинации (см. рис. 2).

Рис. 2. Электрофореграммы амплифицированных фрагментов ДНК STR – локусов D13S317 и F13A01: содержимого костного канала фрагмента бедренной кости от трупа неустановленного мужчины, погибшего при пожаре (наблюдение 2) – дорожка 1; содержимого костного канала фрагмента трубчатой кости останков, обнаруженных в ходе тушения пожара в жилом доме (наблюдение 3) – дорожка 2; содержимого костного канала фрагмента бедренной кости от трупа неизвестного мужчины, обнаруженного на улице (наблюдение 4) – дорожка 3.

В результате исследования были сделаны следующие выводы:

• исследование содержимого костного канала фрагментов трубчатых костей в качестве биологического материала для выделения геномной ДНК позволяет исключить длительный и трудоемкий процесс пробоподготовки в сравнении с исследованием компактного вещества костной ткани;
• сама процедура выделения с использованием вышеперечисленных наборов проста в исполнении, предполагает малое количество стадий, непродолжительна по времени (процесс выделения занимал не более двух часов), экономична – позволяет затрачивать минимальные материальные ресурсы, и безопасна (исключает присутствие агрессивных органических соединений – фенола, хлороформа, толуола).

При сравнительном исследовании трех методик выявлено, что метод выделения ДНК с использованием Chelex 100 в большинстве случаев не пригоден для работы с костной тканью, особенно гнилостно измененной, содержащей примеси, которые невозможно удалить с помощью ионообменников. Кроме того, многие микроорганизмы, размножающиеся в процессе гниения, не поддаются разрушению простым кипячением. Срок хранения выделенных таким образом препаратов ДНК непродолжителен.

Два другие набора позволяют получить высокомолекулярный, чистый препарат ДНК, пригодный для идентификационного анализа, причем продолжительность хранения препаратов достаточно высока – более 1 года (при -20°С). Набор реагентов Diamond DNA позволяет получить низкие потери ДНК при экстракции, нанометровые частицы сорбента его нетоксичны, инертны и не ингибируют ПЦР, в отличие от гуанидинтиоцианата, который токсичен и даже следовые количества его в элюате могут ингибировать ферментативные реакции (см. рис. 3).

Читайте также: Вязание из ниток из ткани

Рис. 3. Электрофореграмма амплифицированных фрагментов ДНК локуса Амелогенина содержимого костных каналов трех фрагментов бедренных костей, выделенных: с использованием Chelex 100 – дорожки 1, 2, 3; набором реагентов DiatomTM DNA – дорожки 4, 5, 6; набором реагентов Diamond DNA – дорожки 7, 8, 9;

Маркеры молекулярного веса: А – локус специфические аллельные маркеры, (К+) – положительный контрольный образец ДНК, (К–) – отрицательный контроль без ДНК.

Таким образом, методы исследования содержимого костных каналов трубчатых костей с помощью наборов DiatomTM DNA и Diamond DNA пригодны для экспертного применения, просты, безопасны, экономичны, позволяют проводить эффективную экстракцию ДНК и могут быть использованы при невозможности получения образца жидкой крови трупа.

Выделение днк из костной ткани

ФГБУ «Российский центр судебно-медицинской экспертизы» Минздравсоцразвития России, Москва

ФГБУ «Российский центр судебно-медицинской экспертизы» Минздрава России, Москва, Россия, 125284

ФГБУ «Российский центр судебно-медицинской экспертизы» Минздрава России, Москва, Россия, 125284

Красноярский филиал ФГБУ «Гематологический научный центр» Минздрава России

ФГБУ «Российский центр судебно-медицинской экспертизы» Минздравсоцразвития России, Москва

Молекулярно-генетический анализ хромосомной ДНК в обожженных костях: миф или реальность?

Журнал: Судебно-медицинская экспертиза. 2016;59(6): 4-9

Земскова Е. Ю., Бордюков М. М., Нарина Н. В., Ковалев А. В., Иванов П. Л. Молекулярно-генетический анализ хромосомной ДНК в обожженных костях: миф или реальность?. Судебно-медицинская экспертиза. 2016;59(6):4-9.
Zemskova E Iu, Bordyukov M M, Narina N V, Kovalev A V, Ivanov P L. The molecular genetic analysis of chromosomal DNA in burned bones. Sudebno-Meditsinskaya Ekspertisa. 2016;59(6):4-9. (In Russ.).
https://doi.org/10.17116/sudmed20165964-9

ФГБУ «Российский центр судебно-медицинской экспертизы» Минздравсоцразвития России, Москва

Цель работы — провести демонстрационное исследование, посвященное спорному вопросу о возможности получения достоверной генетической информации из обожженных костных объектов. Путем контролируемой термической обработки в муфельной печи были подготовлены фрагменты кости с узнаваемыми внешними признаками озоления разной степени: в состоянии обугливания, серого и белого каления. Изучали аналитическую пригодность этих обожженных костных объектов для генотипирования с использованием стандартных хромосомных STR-локусных мультиплексных панелей. Полученные результаты заставляют с большим сомнением относиться к утверждениям о возможности генотипирования хромосомной ДНК в обожженных костях. Показано, что уже температура 150 °С в течение 2 ч может превратить кость в совершенно непригодный для генотипирования объект, утративший свои индивидуальные генотипические признаки. Примечательно, что внешне такая кость почти неотличима от нативной. Если же объектом генотипирования является костный материал, термическое воздействие на который определяется невооруженным глазом — например, кость находится в стадии обугливания, выраженного черного каления, а также серого и белого каления, то в таком объекте установить достоверный генетический профиль хромосомной ДНК практически невозможно.

ФГБУ «Российский центр судебно-медицинской экспертизы» Минздравсоцразвития России, Москва

ФГБУ «Российский центр судебно-медицинской экспертизы» Минздрава России, Москва, Россия, 125284

ФГБУ «Российский центр судебно-медицинской экспертизы» Минздрава России, Москва, Россия, 125284

Красноярский филиал ФГБУ «Гематологический научный центр» Минздрава России

ФГБУ «Российский центр судебно-медицинской экспертизы» Минздравсоцразвития России, Москва

В феврале 1994 г. в редакционной статье журнала «Nature Genetics» научный директор компании «Cellmark Diagnostics» Пол Дебенхам (Paul Debenham), комментируя историческую первую публикацию результатов молекулярно-генетической идентификационной экспертизы останков российской императорской семьи [1], написал примерно следующее:

‒ Эту работу (идентификацию костных останков) следует считать редкой демонстрацией возможностей молекулярно-генетического анализа, и она, конечно же, еще далека от реального практического применения. Поэтому кости большинства из нас смогут мирно покоиться в своих могилах. И все же… Если кто-то хочет быть уверен, что его останки ничего никому не расскажут, — тогда мы настоятельно рекомендуем кремацию…

Прошедшие 20 лет активного развития судебных молекулярно-генетических технологий внесли коррективы в слова британского профессора. Так, сегодня уже никто не будет спорить с тем, что молекулярно-генетическое типирование костных останков — это хотя и сложный, но вполне рутинный метод, который достаточно широко и успешно применяется в судебно-экспертной практике [2—5]. Однако кремация — в смысле высокотемпературного воздействия как радикальный способ сделать генотипирование биологических объектов абсолютно невыполнимым, казалось бы, как и тогда, сомнений не вызывает.

В области медицинской криминалистики есть работы, описывающие процессы, происходящие в костной ткани при воздействии высокой температуры и пламени [6, 7]. Из этих исследований косвенным образом вытекает, что в костях, подвергшихся такого рода воздействию при его достаточной интенсивности, когда последствия наглядно проявляются в виде обугливания, серого и белого каления, ДНК сохраниться не может. Есть учебники, прямо указывающие на то, что воздействие высокой температуры является эффективным способом удаления всех органических веществ из костной структуры (процесс, называемый озолением костного материала и используемый для изучения неорганического состава кости): «… для кости и хряща оптимальный режим озоления — температура 400—500 °С в течение 1,5 ч» (цит. по [8]).

Все это делает объективно невозможным молекулярно-генетическое исследование (генотипирование) подобных объектов.

Поскольку данный вопрос очень важен для правоохранительных органов — в плане понимания и правильного использования возможностей и ограничений судебно-экспертной молекулярно-генетической идентификации применительно к обожженным костным останкам, — в последние годы был выполнен целый ряд исследований, прямо направленных на изучение аналитической пригодности обгоревших костей для судебно-экспертного идентификационного молекулярно-генетического анализа [9—13].

На основании их результатов можно сделать следующие обобщения.

Приемлемый STR-профиль ядерной ДНК в принципе возможно установить в зубах, подвергшихся достаточно короткому — в течение нескольких минут — нагреванию при 300 °C [14]. Однако для костей, подвергшихся более длительному температурному воздействию даже при существенно меньших температурах, уже невозможно получить положительный результат. Так, при прокаливании кости в течение 2 ч, температурный предел сохранения матричной активности ДНК (т.е. способность ДНК обеспечивать получение амплификационного продукта в полимеразной цепной реакции (ПЦР) составляет всего лишь 210—180 °С для ампликонов в интервале длин от 100 до 500 п.н. соответственно [15].

Таким образом, именно на эти температурно-временные параметры следует ориентироваться при прогнозировании аналитической пригодности обгоревших костных объектов для генотипирования с использованием стандартных хромосомных STR-локусных мультиплексных панелей семейства IdentiFiler или PowerPlex [16, 17].

Следует обратить внимание еще на один момент. Обугливание кости начинается при температуре порядка 300—400 °С [6]. С учетом сказанного выше это означает, что нет никаких оснований ожидать положительных результатов генотипирования при исследовании обугленной костной ткани. В случае серого и белого каления (свидетельствующего об экспонировании костного объекта при температуре 400—680 °С и выше) не следует ожидать позитивного результата даже и с теоретической точки зрения, поскольку, как уже было сказано, в этом температурном интервале органические компоненты кости достаточно быстро и практически полностью выгорают [8].

Читайте также: Что можно сделать из ткани для декора

Тем не менее совсем не редки случаи, когда при назначении экспертизы вещественных доказательств следствие настаивает на необходимости молекулярно-генетического исследования (генотипирования) сильно обгоревших костей. Недавно появилась работа, где авторы утверждают, что им удалось установить полный профиль STR-панелей IdentiFiler и PowerPlex 21-IDX в обожженных костных фрагментах в состоянии черного и серого каления (!?) [18].

Оставляем это утверждение на совести авторов, так как в этой работе не представлено никаких контрольных данных, которые могли бы свидетельствовать об истинности результата. Но надо понимать, что любая неопределенность в вопросе о возможности или невозможности добыть достоверные молекулярно-генетические данные из обожженных костных останков способна спровоцировать заблуждения, которые будут иметь крайне негативные последствия для расследования многих категорий уголовных дел.

В связи с этим нами проведено свое демонстрационноеисследование.

Не задаваясь целью выполнить еще одно масштабное изыскание, повторяющее ранее опубликованные работы, научная ценность которых не вызывает сомнений, мы поставили задачу осуществить наглядный эксперимент, проиллюстрировать его и таким образом внести ясность в данный вопрос.

Цель работы — попытка разрешения вопросао возможности или невозможности получения достоверной генетической информации из обожженных костных объектов, прежде всего в прикладном аспекте. Эксперимент планировался так, чтобы его посыл не был бы исключительно научным (например, сравнение результатов анализа ДНК при разных значениях температуры и времени прокаливания). Таких работ много, некоторые мы уже упомянули. Мы отталкивались от позиции более практической, а именно: имеются фрагменты кости, с узнаваемыми внешними признаками озоления разной степени (иными словами, есть кость в состоянии обугливания, кость в состоянии серого каления и т. д., — как это бывает в реальности в экспертной практике, когда эксперт-генетик не знает, при какой температуре и сколько времени обгорали костные останки). Попробуем сравнить результаты анализа ДНК при разном состоянии кости. Далее, уже в чисто научном аспекте, можно сопоставить эти результаты с теми температурными и временными параметрами озоления, которые использовали для моделирования того или иного заданного визуального эффекта.

Материал и методы

Объектом исследования послужила бедренная кость в хорошем состоянии, конкретно — фрагмент проксимального отдела правой бедренной кости от эксгумированных останков мужчины (рис. 1). Давность захоронения — 8 лет. Наиболее вероятный биологический возраст, диагностированный по состоянию возрастных изменений при визуальном и рентгенологическом исследовании, — 30—39 лет.

Рис. 1. Фрагмент проксимального отдела правой бедренной кости от эксгумированных останков мужчины. Возраст захоронения 8 лет. Наиболее вероятный биологический возраст 30—39 лет. а — общий вид, задняя поверхность; б — рентгенограмма (1 — высота стояния костномозговой полости, 2 — вершина малого вертела, 3 — эпифизарная линия, 4 — строение губчатого вещества головки бедренной кости, 5 — компактный слой диафиза.

Предварительно костный фрагмент был очищен от поверхностных наложений, затем из отделенного фрагмента диафизной части были сделаны выпилы примерно равной массы около 1,0 г. (рис. 2). Несколько фрагментов были оставлены интактными, остальные были подвергнуты прокаливанию при разных температурах и времени в электропечи СНОЛ 6/11-В, 000 («Технотерм», Россия) для достижения желаемого внешнего вида (конкретные параметры термообработки приведены в разделе «Результаты и обсуждение»).

Рис. 2. Отделенный участок диафизной части фрагмента бедренной кости (а), из которого сделаны выпилы (б) для последующей термической обработки.

Затем костные фрагменты измельчали с использованием виброизмельчителя Tissue Lyser II («Qiagen», Германия) в режиме 30 Гц/20 с; полученный костный порошок лизировали в течение 2 ч при 56 °C в присутствии реактивов PrepFiler BTA Lysis Buffer («Applied Biosystems», США), дитиотрейтола и протеиназы К («Qiagen», Германия).

Далее выделяли суммарную ДНК по сорбентной технологии на роботизированной станции Automate Express DNA Extraction System с применением штатного набора реактивов PrepFiler Express Forensic DNA Extraction Kit («Applied Biosystems», США). Полученные препараты использовали в качестве матричных препаратов ДНК для постановки ПЦР.

Матричную активность в препаратах ДНК определяли с использованием системы количественной энзиматической амплификации ДНК PowerQuant System («Promega», США).

Типирование полиморфных STR-локусов хромосомной ДНК проводили с использованием 24-локусной амплификационной панели AmpFlSTR GlobalFiler PCR Amplification Kit («Applied Biosystems», США).

Продукты ПЦР фракционировали электрофоретически с помощью системы капиллярного электрофореза ABI PRISM 3500 («Applied Biosystems», США).

Результаты и обсуждение

На первом этапе исследования необходимо было подобрать режимы прокаливания фрагментов исходной кости в муфельной печи. Подбор температурно-временных параметров был осуществлен, исходя из общих представлений о возможном минимальном времени обгорания при реальном происшествии (не менее 1 ч) и из заданного визуального эффекта (ставилась задача смоделировать внешний вид реально обгоревших костей в разной степени озоления). Эти параметры приведены в табл. 1.

Таблица 1. Параметры термической обработки костных образцов № 2—11

На рис. 3 (см.) показаны фрагменты, прошедшие термообработку, — репрезентативный экспериментальный ряд, начиная с интактной кости (объект № 1) и кости, визуально практически неотличимой от интактной (объект № 2: 100 °С/2 ч), ряд завершается костью в состоянии выраженного черного каления (объект № 7: 400 °С/1,5 ч). (Остальные фрагменты в состоянии серого и белого каления не представлены.)

Рис. 3. Внешний вид фрагментов костной ткани, прошедших термообработку, — репрезентативный экспериментальный ряд: № 1 (интактная кость), № 2 (100°С/2 часа), № 3 (100°С/2 часа + 200°С/1 час), № 4 (250°С/1 час), № 5 (250°С/1 час + 300°С/1 час), № 7 (400°С/1,5 часа).

Из всех экспериментальных фрагментов были получены препараты суммарной клеточной ДНК, и в каждом определена эффективная концентрации хромосомной ДНК (по сути — содержание ПЦР-активных ДНК-матриц) (табл. 2).

Таблица 2. Эффективная концентрация ДНК в препаратах, полученных из объектов № 1—7

Хорошо видно, что матричная активность ДНК сохраняется практически неизменной при 100 °C в течение 2 ч, затем, с возрастанием жесткости процедуры, резко падает, и уже в кости с начальными признаками обугливания (объект № 5: 250—300 °С/2 ч) матричная активность ДНК вообще не детектируется даже на уровне самого короткого ампликона (84 п.о. ДНК Y-хромосомы). Таким образом, в нашем эксперименте приемлемый для генотипирования уровень матричной активности хромосомной ДНК (в пределах диапазона чувствительности используемого метода не менее 0,01 нг/мкл) наблюдается только в препарате, полученном из костной ткани, подвергавшейся достаточно мягкой термической обработке — 100 °С/2 ч (объект № 2). В объекте № 3 (еще 1 ч при 200 °C добавочно к условиям объекта № 2) уровень матричной активности ДНК уже неприемлемо низкий. Это означает, что установить достоверный генетический профиль в таком объекте едва ли возможно (и это при том, что сама кость внешне почти не изменилась по сравнению с нативной (см. рис. 3).

Читайте также: Из чего развивается соединительная ткань в эмбриогенезе

Для наглядности мы выполнили процедуру генотипирования для первых 5 объектов. Полученные результаты (электрофореграммы) приведены на рис. 4 (см.).

Рис. 4. Результаты генотипирования первых пяти экспериментальных объектов. Электрофореграммы: а — интактная кость (объект № 1); б — объект № 2 (100°С/2 часа).

Рис. 4. Результаты генотипирования первых пяти экспериментальных объектов (продолжение). Электрофореграммы: в — № 3 (100°С/2 часа + 200°С/1 час), г — № 4 (250°С/1 час), д — № 5 (250°С/1 час + 300°С/1 час).

Рис. 4. Результаты генотипирования первых пяти экспериментальных объектов (продолжение). Электрофореграммы: д — № 5 (250°С/1 час + 300°С/1 час).

Видно, что генотип объекта № 2 идентичен генотипу нативной кости № 1 (см. рис. 4, а и б). Это означает, что прогрев при 100 °C в течение 2 ч не наносит ущерба генетическому материалу костной ткани (отмечаем, что и визуально такое термическое воздействие остается незаметным).

Наоборот, в объекте № 5 никакие аллели (индивидуальные признаки) не детектируются — это полностью согласуется с результатами определения матричной активности ДНК. Такая кость абсолютно непригодна для молекулярно-генетического идентификационного анализа. Напомним, что этот костный фрагмент подвергся термическому воздействию при 250—300 °С/2 ч и демонстрирует начальную стадию обугливания (см. рис. 3). Совершенно очевидно, что любое более жесткое термическое воздействие приведет к такому же негативному результату. Поэтому остальные фрагменты, доведенные в эксперименте до стадии черного, серого и белого каления, генотипировать бессмысленно — их следует признать заведомо непригодными для молекулярно-генетического идентификационного анализа.

Но подобная очевидная непригодность — это еще не самое большое зло, с точки зрения экспертизы. Не столько опасно отсутствие результата, сколько недопустим неправильный, ложный результат.

Посмотрим на электрофореграммы объектов № 3 (200 °С) и № 4 (250 °С/1 ч) (см. рис. 4, в и г). Здесь получены так называемые неполные профили ДНК — когда определяется только часть тестируемых признаков, а остальные признаки (аллели) утрачены. (Отметим, что этот результат был предопределен очень низким значением матричной активности ДНК: его причиной является то, что в таком препарате присутствует «испорченная» ДНК — в данном случае из-за термического воздействия — высокодеградированная, химически измененная.) Но, может быть, можно использовать эту сохранившуюся часть признаков для целей идентификации? Тем более, что оба этих частичных генотипа не пересекаются, т. е. они взаимно дополняют друг друга, и значит, из двух можно составить более полный один — ведь это фрагменты одной и той же кости…

Но, внимание: генотип объекта № 3, как это было изначально, — мужской, а вот № 4 — уже женский (?!). И если сравнить оба этих генотипа с истинным генотипом кости (см. рис. 4, а, в и г), то легко убедиться в том, что ни один из установленных в них в общей сложности 14 признаков не соответствует истинным: это полностью артефактный, т. е. недостоверный результат.

Обращаем внимание на то, что по внешнему виду эти кости можно принять лишь за слегка тронутые огнем (см. рис. 3). Такие объекты экспертизы требуют повышенного внимания.

Поэтому мы продолжили эксперимент, чтобы более точно определить эту потенциально опасную, с точки зрения генетической экспертизы, зону термического воздействия на кость.

В табл. 3 приведены параметры термической обработки еще трех фрагментов той же исходной кости — № 12, 13, 14. В табл. 4 : результаты определения в них эффективной концентрации ДНК. На рис. 5 (см.) представлен их внешний вид (все они мало отличаются от нативной кости). На рис. 6 (см.) приведены результаты генотипирования (электрофореграммы).

Таблица 3. Параметры термической обработки костных образцов № 12—14

Таблица 4. Эффективная концентрация ДНК в препаратах, полученных из объектов № 12—14

Рис. 5. Внешний вид фрагментов костной ткани, прошедших «мягкую» термообработку. а — объект №12 (150°С/1 час), б — №13 (150°С/2 часа), в — №14 (200°С/1 час).

Рис. 6. Результаты генотипирования. Электрофореграммы: а — объект №12 (150ОС/1 час), б — №13 (150ОС/2 часа)

Рис. 6. Результаты генотипирования.(продолжение) Электрофореграммы: в — №14 (200ОС/1 час).

Из представленных аналитических данных видно, что полный и достоверный STR-профиль демонстрирует только костный фрагмент № 12 (150 °/1 ч).

При увеличении времени действия той же температуры 150 °C до 2 ч (объект № 13) ДНК начинает быстро разрушаться, что видно по резкому падению матричной активности препарата. При попытке его генотипирования наблюдается частичная потеря истинных аллелей и искажение генотипа. Также возможно появление ложных аллелей. Установить достоверный генетический профиль в таком объекте невозможно.

При воздействии температуры 200 °C уже через 1 ч кость оказалась полностью непригодной для анализа (объект № 14). Этот результат можно рассматривать как контрольный к результату, полученному ранее для объекта № 3.

Таким образом, результаты настоящей работы заставляют с большим сомнением относиться к сообщениям об успехах, якобы достигнутых при генотипировании хромосомной ДНК в обожженных костях.

Уже температура 150 °C при воздействии в течение 2 ч может превратить кость в совершенно непригодный для генотипирования объект, полностью утративший свои индивидуальные генотипические признаки или же исказивший их до неузнаваемости. При этом визуально такая кость почти неотличима от нативной, и если не известны обстоятельства, ее вряд ли будут считать обожженной.

Если же объектом генотипирования является костный материал, термическое воздействие на который вполне очевидно — например, кость находится в стадии обугливания, то надо отчетливо понимать, что в таком объекте установить достоверный генетический профиль практически невозможно.

В этом контексте обсуждать возможность генотипирования костных останков в состоянии выраженного черного, а также серого и белого каления просто лишено смысла. Это заведомо невозможно.

Отдельно отметим, что хотя в настоящей работе речь идет о генотипировании хромосомной ДНК, основные выводы можно отнести и к митохондриальной (мт)ДНК — как минимум на том основании, что размер ампликонов, получаемых для секвенирования мтДНК, сравним с размером ампликонов, анализируемых при генотипированииSTR-локусов хромосомной ДНК. Особенности генотипирования мтДНК в обожженных костях нами сейчас специально изучаются. Результаты будут опубликованы.

Авторы выражают благодарность лаборанту отдела молекулярно-генетических экспертиз (исследований) РЦСМЭ М.Н. Лизунову за помощь в выполнении отдельных экспериментов.

Конфликт интересов отсутствует.

• Свежие записи
  • Балкон в многоквартирном доме: является ли он общедомовым имуществом?
  • Штраф за остекление балкона в 2022: что это и как избежать наказания
  • Штраф за мусор с балкона: сколько заплатить за выбрасывание окурков
  • Оформление балконного окна: выбираем шторы из органзы
  • Как выбрать идеальные шторы для маленькой кухни с балконом